远离本土的南方之岛——浦岛。那里享受着自然的恩惠，可以说是乐园。
但有着复杂过去的这座岛屿，正悄悄地消失在历史舞台之上。因岛上特有的地方病“煤纹病”而和本土产生的分歧。被弃置而变成废墟的“海上基地”。5年前向“浦岛御三家” 席卷而来的三个事件。孩子们间交头接耳传得如确有其事般的“神隐”传闻。还有，岛上所留下来的远古“传说”。
将成为拯救岛屿的关键的是，隶属于御三家的“三名少女”。但是她们还没有得到能够改变这座岛命运的力量。
就在这样的岛屿上，漂来了一个青年。
宣称来自未来的青年，才不会去顾及岛上的旧习陈俗，他为了改变未来而孤军奋战。
然而他却有着别的目的。