某一天，星修学园的学生门仓甲，在虚构的战场中醒来了。
想起了自己是一个使用着优秀的战斗用电子体（シュミクラム）的佣兵的甲，也想起了自己跟自己的部下，也是唯一的伙伴：桐島レイン一起，追捕着某个人物。

这个人是甲曾经的恩师，久利原直樹。
他曾经所属的研究机关曾经引起了一件噩梦一般的事件「灰色的圣诞节」

追寻着那把自己的和平的学院生活和朋友都全部夺去的事件的真相的甲面前，出现了一个谜。
面对着AI派宗教组织ドミニオン，和学院时代开始的因缘的对手ジルベルト的暗中活跃。
GOAT的黄牌，命令者（コマンダー）的本体到底是？巨大方舟计划到底是？
这些就像是要帮助甲一样而出现的迷之现象，到底有什么特别和异常的地方呢？

然后，逐渐取回记忆的甲，跟那些一直想念着的学院时代的同伴再会了。
青梅竹马的菜ノ葉、从堂姐的亜季、亲友的千夏、雅……也许跟过去一样，也许发生过各种各样的变化的朋友们。
还没知道去向的真。
还有，本应在灰色的圣诞节中永远地消失了的空，和那跟她长得一模一样的NPCクゥ。
在甲面前，数次出现的名为エージェント的NPC，究竟是空，还是……

当这些谜团都合而为一之时，真实之门就会打开。