这个春天开始就读ミレニア学園的主人公──柊勇飛（ひいらぎ ゆうひ）。
正当他在为家庭的事情而考虑着独居的时候，刚好遇上了非常好的地方，于是他很快就决定入住那一间公寓。
但是，当踏进公寓旁边的教会的时候，勇飛的命运一下子起了变化。

——在那里，倒着一个少女。

名字为ヒカリ的少女的记忆很模糊，唯一能清楚记得的就是她需要帮人。
在公寓的管理人ノア的劝说之下，勇飛开始了与无家可归的她一起的同居生活。

在一起就读的ミレニア学園，ヒカリ说要创立一个社团。
勇飛心想通过社团活动也许能让ヒカリ恢复记忆，于是伸出了援手。
勇飛与ヒカリ创立的新社团——大空部。
创立的目的是将部室当成忏悔室，解决到访学生的问题与烦恼。
勇飛与ヒカリ在社团活动中为解决各种各样的问题而忙碌。
究竟到了最后，会有什么样子的事件等待着二人呢？