20世纪初、西历1907年。
与我们所认知不同的时代、与我们所认知不同的历史中存在的，是充斥在那里的无数的蒸汽机械。
异常发达的蒸汽文明所产生的排烟将天空埋藏，从人们眼里夺走了蓝天。
其中有一处天空最最灰暗的地方。
那就是万劫不复地被灰色云雨所覆盖的废墟、旧重机械都市纽约。
因为5年前发生的名为《大消失》的不明原因的灾害，全领土上的摩天楼全部化成废墟，都市因被合众国政府完全封锁而一个人影都没有。然而一个女性エリシア却踏进了这个都市，怀着一个目的。
向着灾害的中心地、旧曼哈顿，女性静静地走着。
另一边——
旧重机械都市纽约出现了“地下”。
地上的人谁都不知道这里的存在。被朦胧昏暗的紫灯照着的广大的地下空间。
这里有着5年前消失了的摩天楼林立的街道。 但是伴随着大幅度的扭曲。
在这扭曲的异形、带着黑色与紫影的、没有出口的地下世界《地下纽约》，存在着本应消失了人们。
一边畏惧着7头被称为《御使い》的怪物的脚步声。
一边忍受着7头被称为《御使い》的怪物所带来的恐怖与苦痛与死亡。
人们在这扭曲的地下都市中，像是在等待什么似的一直留在这里。
这时一个少女リリィ踏进了这里，没有任何记忆地。
对于リリィ来说，知道的事情只有一样。
不知道理由。有什么在，有谁在。为什么自己会这样想。
尽管这样，只有一样——
「曼哈顿。在紫色天空的尽头」
「那里。我，不，只有我，不得不去那里」
——少女出发了。向着遥远的紫影之塔。
——一边不断接触着、残留着思念的人们虚幻的影子。一边在不经意间、流着泪水。