地点是日本。一个平和的城镇中的学校。在那所学校中就读的如月巴弥是那种随处可见的极其平凡的女孩子。
身高和胸部与同龄的女生比起来也要小上很多，不过其天使般的容貌完全弥补了这诸多不足。唯一的不同之处是她那很难让人接近的气质。她拒绝和别人交往，而是选择独自一人。由于不能适应周围和谐的气氛，巴弥独自生活在自己的世界中。但是也不是没有人来接近巴弥。

结果当然是，男生们被她那种与众不同的气质所吸引，蜂拥而上。
几乎每天都被男生告白，巴弥打心眼儿里……

“烦”

生活就应该是那样的日复一日地度日。但是这一切都被一件事情所颠覆了。天上掉下来个不知道是猪还是兔子造型的布偶玩具。让人吃惊的是，这个布偶开口说话了！这一完全背离现实的事情也将其引入了奇异的世界之中。

布偶的真身是世界最高的魔法使。为了追踪他而出现的邪恶组织。被卷入事件之中的学生和老师。
哈？我具备魔法使的资质？现在只有我能拯救这所学校？现在该如何是好哇？我不知该怎么办！

虽然是这样想，但是看到班里的同学们都被卷入了这一事件当中，巴弥心急如焚。
接过了布偶授予的钥匙，巴弥咏唱出了宣誓的言辞。随着桃色的魔法光芒的放出，新的魔法少女诞生了！

「果然，很麻烦」

但是，自己还是一点干劲都没有。这座城镇真的没关系么？巴弥，这座城镇的命运可是掌握在你的手中了!!