离现代不久的未来。
主人公鷲宮天斗，因为父母忙于工作而经常不在家，独自住在一栋房子里。
他过着与住在旁边的青梅竹马日向あかね、损友剣崎修一郎等人一起的、平凡而快乐的校园生活。

某一天，天斗的家里送来了一份快递。
这份快递是个仿如棺材般尺寸的大箱子。送件人是他的父母。
无可奈何下收下快递的天斗打开了箱子，赫然发现里面居然睡着一个裸体的女孩。
人类！？正当他这样想的时候，他发现了箱子里面的一张纸。
『想你和她一起解开真相』——仿如悬疑谜题的文字令天斗惊慌失措。
就在这个时候，睡着的她醒了过来……

就这样，他的命运开始了巨大的转动。