──为了能和你结为一体才诞生的──

主人公泉户裕理是八衢神社的唯一儿子。由于喜欢摆弄摩托车、所以打算将来从事一级整备事或是设计师之类的工作、可同时也为老家是神社一事而迷惘着，从而没有明确的将来目标。在对没有明确的将来抱持着烦恼的同时，与朋友河合アメリ，要三九郎等人一起讴歌着校园生活。
那样的他成为最高年级，春假之时。在学校施行操场扩张计划之时，出土了个奇妙的遗迹。偶然正好在现场的裕理他，却对遗迹抱着与他人完全不一样的兴趣。因为那上边刻着只有在老家的神社里才能看到奇异纹章。
在八衢神社里有被称为“摇荡之神”的神的传说。虽说那是保护周边一带地域的土地，但要是太草率对待的话就会带来各种灾难的说。出土了的遗迹中也有雕刻着被称之为“太转依”。更甚者，还发现了漂游在遗迹附近的怪物。面对出土的遗迹要是走错一步也许就会引发大灾这事，不但身为神主的父亲将其视之为迷信，学校老师和理事的也不予理会。而且，还出了此遗迹“毫无学术价值”此等遗迹科学鉴定结果。虽对到底是拆还是转移一点还仍留有商讨的余地，在新学期开学之前要把操场扩张计划完成这个项目不变。总之工事就这样进行下去了。
感觉到此危机的裕理在深夜中，与アメリ和三九郎院一同潜入学校，打算举行送魂仪式。这样就算是这遗迹会被破坏还是被怎样，都不会对寄宿在这里边的神失礼了，这是身为神社继子的裕理切合他身份的想法了。可是就由于这仪式，真的出现了个像神的玩意儿。那是开始满口的古文向裕理滔滔不绝的述说。被这块地所封印了的，名为太转依的妖怪们的故事。
于是迎来了开学仪式。那天晚上，关于潜入了学校一事，一边被创圣学院女子学部的学生会长如月美冬追问，裕理边在意着昨天发生的不可思议的事情。在那样的他们面前，冒出了个相同年龄的女孩。面对着困惑不堪的裕理，她放出了这般话——
　“来吧，现在是跨越了500年之梦想实现之时！
        就让我夫妇俩来开创人，妖共存的新世界吧！”
由这位名为“真白”的登场，裕理的学院生活事态突变了。青梅竹马的アメリ不断的妒忌闹别扭，而三九郎又完全帮不上忙。然而又被本因亲同妹妹般的ゆみな误会了他和真白间的关系而被讨厌。被美冬猜疑心满载的视线盯着满大街的追问。而完全看不懂周围气氛的真白还仍是沾着裕理不放。
那女的到底是什么人物？话说那叫太转依的又是什么？泉户裕理的未来到底在何方！