20世界初、1908年。
被隐瞒的世纪、被隐瞒的世界。
走在与我们拥有的世界有所差别的19世纪的，是无数的蒸气机关的身躯。
异常发达的蒸气文明导致世界所有的天空都染上灰色，就连海也染上了黑色。

海——黑色的海。过去曾是蓝色的海，现在，漆黑晦暗。
欧洲法兰西王国往昔的港湾都市马赛也是如此漆黑、暗色的海，却又有着与世界上其他海有所不同的地方。
那就是仿如巨大的要塞的坚固的大型人工岛。那里，既是都市，同时又是华美的“校园”。
其正式名称，是『マルセイユ洋上学園都市』。
这是一所基于先进的机关科学而建立的都市，是一所为了诞生世界最棒的硕学的学校，尽管位处被华美的蒸气文明所污染的海上、所污染的天空下，然而这里，却充满着讴歌青春的年轻人们的光辉。
洋溢着令人联想到业已失去的太阳的活力与热情，闪耀着令人联想到业已失去的群星的美丽。

然而，在这个学园都市里，却有着一个连法兰西政府也为之恐惧的“秘密”。
坦白来说，那就是学校被统治了整个欧洲幕后势力的秘密结社『西インド会社』所支配的事实。
欧州无论哪个国家组织都不能弄清学园都市的全貌，也不容许介入，各国的首脑只能秘密地静静地观察其动向。
完全封锁的绚丽的学园。
唯一、只有以“毕业”的形式才能允许学生离去的都市。
由『西インド会社』的下属组织、被称为『フラタニティ／ソロリティ』的统治会所支配，拒绝外部一切干涉的年轻人的花园。
无论谁也无法开启的、秘密的花园。不断诞生众多闪耀的才能以及让人畏惧的异能的、华美世界的扭曲。

然而，1908年。此际，一个青年露面了。
明言反抗统治会的他，如此报上名号：
「ニコラ・テスラ。72岁。是个转校生」
「マルセイユ洋上学園都市 10万的学生诸君。被命运诅咒的你们、所有人」
「──由我，这只手，来拯救」

然后，ディフ塔的钟声响起。
在学园都市通告欢喜之时才会响起的『ガクトゥーンの鐘』竟然——