这是发生在与真实历史不同的第二次世界大战之后大约半个世纪世界的故事。

在世界大战之后，暂时作为战胜国中心领导世界的某国因为重大科学实验的失败，导致了大爆炸，几乎所有的国土化为焦土。
因为此国的毁灭，导致至今为止一直维持的世界军事平衡失衡，各国为了世界霸权爆发了新的战争。
在这次大战中，日本連邦共和国，ハウエル・キングダム以及シュヴァルツヴァルト帝国成了最后的三个赢家，其他的一些国家则纷纷被不同阵营吸收，也有一些国家为了远离战火而选择了中立。世界形势也因此完全改变。
之后，刚刚因为长期战争而疲惫不堪的三大国，为了不重蹈覆辙，暂时停止了争斗，世界随即进入了冷战状态。
但是，面对由如薄冰般脆弱的均衡维持，随时都会崩溃的世界，各国在征兵和兵器开发方面都不敢怠慢，为了应对新的战争不断进行着军备竞赛。

此后世界上诞生了一项新的研究成果，这是一种通过名为“インターオペレートシステム”的通用兵器操作系统运行，代号“IOS”的革新技术。
如果这个能简化兵器使用必要工序，让即使没有专业知识的人也能随心所欲操作任何兵器的装置投入实际应用的话，花在操作培训上的时间以及兵器的最少使用人数都会大幅度减少，就能诞生能驾奴所有海陆空兵器的究极万能战士。
但是，IOS却有着非适应者不能使用的制约。

这个故事就从从属于『日本連邦共和国』正规军部队，拥有IOS适应性的主人公完成任务的每一天开始。