十河陸は10年ぶりに生まれ故郷である潮見島の土を踏んだ。
連絡船の事故で両親を失った陸は本土の施設へと送られていたが、施設が閉鎖されることになり島に戻ってきたのだ。
そんな陸を幼馴染みの高里七瀬と三雲佳沙が出迎える。三人は心から再会を喜ぶ。
陸は七瀬の家に下宿することになり、島での学園生活をスタートさせる。
そこでミステリアスな少女・磯嶋小夜歌、郷土史研究会の部長・加賀見透子と出会う。
島の人間から遠ざけられる小夜歌、島の伝承に強い興味を向ける透子。
彼女らと接触することで陸は表には見えない島の暗い面が存在することを知る。
因習の島に大人たちの思惑と少女たちの想いが交錯する。
そして伝承と陰謀の果てに驚くべき真実が浮かび上がる……。