白巳津川市。学園都市であること以外になんの特色もない街。
進級してまだ間もない主人公の周りに変化が訪れる。

大地震により、白蛇九十九神社に祀られていた神器が破損し、
並行世界から所有者に特殊能力を授ける装飾品「アーティファクト」が流入した。

その人知を超える力を悪用した人体石化事件が発生したのだった。
石化事件の犯人が「魔眼のアーティファクト」の所持者と知った主人公「新海 翔」は、
クラスメイトの「九條 都」、妹の「新海 天」と共に石化事件の調査と解決に動き始める。

調査の途中で「リグ、ヴェーダ」と名乗るアーティファクトユーザーの組織と対立をしてしまう。
その「リグ・ヴェーダ」のメンバーの中には、毎朝見かける学園の先輩「香坂 春風」の姿がーー。

魔眼のユーザーの正体。ソフィーティアの秘密。
異能に目覚めた少年少女たちの物語はついに佳境にーー。