取り戻しに行くの。海に沈んだ、大切な宝物を― 世界遺産の島、小笠原諸島。

主人公・水野洋輝は祖母の店を手伝うため、夏休みを利用して4年ぶりに島を訪れる。
その途中、定期船のデッキで、美しい金髪の少女・エミリィと出会った。

家出をしてきたというエミリィ。彼女の目的は“海に沈んだ宝物”を取り戻しに行く事。
島で再会した幼なじみ・ちさは言う。

「幽霊船――地元でそう呼ばれている沈船よ」

嵐のたびに行方をくらませる沈没船に、エミリィが探す宝物はあると言うのだ。

美しい金髪の少女エミリィ。
小麦色に日焼けした幼なじみのちさ。

自然豊かな南の海で、ふたりの少女とスクーバダイビングに挑戦する、ひと夏の冒険の日々が始まる！

目指すは伝説の幽霊船。
それは、空と海がふれあう彼方にある――。