当他从昏暗中睁开眼时，发现自己丧失了过去的记忆。
连自己是谁都毫无头绪，这里是何处更是无从知晓。
而此时、敬慕地称呼这样的他为“哥哥（兄さん）”的少女出现了。
——少女之名为明智光理 （あけち ひかり）。光理将名字告诉了失去记忆的哥哥。
没错，他的名字是“明智久司朗”。

久司朗和光理一起在『公立葉月学園』上学。
那里是培养被称之为“圣女”的存在的天才育成机构。
久司朗一想起“圣女”这个词就会感到头疼。
这个词应该曾对自己有着重要的意义才对。但是，却无论如何都想不起来。
久司朗在那个学园和三个少女相遇了。
——作为“最接近圣女者”而一直在『都立弥生学园』里培养长大的少女 奇稲田撫子 （くしなだ なでしこ）。
——为了培育为守护圣女而成立的“圣女骑士团”的『军立圣艾普莉尔学园』的下任团长フィアナ・アストレイア
——还有就是在为追求魔道而研究“能力(Gift)”的机关『国立キサラギ魔道学园』中，天才的代名，才女サリー・霧宮。

对她们，久司朗有着一些什么预感，没错，那便是“她们之中的谁如果成为圣女的话，世界将会崩坏”的预感。
更甚者，久司朗还被神秘人盯上了性命。
“你如果存之于世，那么这个世界终将被毁灭”这样告知久司朗的谜之袭击者零月 （れいげつ）。
绝体绝命大危机！但是在那一瞬间，久司朗拥有的能力——以能力为幌子的技术——“高速思考”觉醒了。
然后，出现了他似乎从未见过却又似曾相识的地方。
那是，非常广阔的巨大图书馆。
「呀，好久不见。还是说，初次见面？」
在那里的少女——和光理有着相同外表的少女如是说。
「我是メフィスト。你便是如同与我一同破坏世界的伙伴般的存在哟，久司朗」

与以恶魔之名自称的少女一起，失去记忆的久司朗新的战斗开幕了！