异能之力、新旧众神、超史前文明……等待着主人公的谜团前方会是什么！？

在经历了将地球存亡作为赌注的战争之后，人们稍稍变得和善起来。
超过120亿的人口，在战争结束之时锐减到50亿。
作为战争的代价而引发了的能源资源的枯竭，也因为新资源的出现，以及由战争所带来的技术革新而得以回避。
在向天空升起的漆黑之“壁”消失、逃亡的人们回到了故乡、破败的城镇得以重建之际，他出生了。
之后又过了若干岁月——

「哥哥，来看来看。那就是有名的『わだつみ学園』啊」
在木更津开始乘坐的渔船的船长，指着建造在断崖上的建筑群介绍：

私立『わだつみ学園』。
位于房総半島的八戸浦（やとうら）市的巨大学园都市。
在这么一个因受到“壁”的影响而无法从首都圈的陆路得到复兴诉求的乡下地方上面建立的、真正的精英学园。
在世界各地经由猎头专员发掘优秀的人才，让他们接受测试，其中只有合格的人才能得以入学，采取的就是这样一个世界独有的招揽入学制度。

『アマナーグループ』。　
集产业、运输、信息、医疗、金融以及能源资源开发等，支配着大战之后的世界经济的巨大企业群。
而『わだつみ学園』，则以向该集团输送众多毕业生的帝王育才机构而闻名。

听渔船的船长说出这段话的青年，叫做小碓蒔梛（おうす まきな）。
学业与运动很优秀，不过本人却自认“平凡”。直至他从一个自称律师的男人手中，接过一组通知文书与信纸……
原本是学园理事长的祖父的存在，以及这位祖父デビッド・アルマータ的离奇死亡。
被呼唤到学园去当理事长代理的蒔梛，获悉了名为“真珠姫”的站在学园顶端的人。
所谓“真珠姫”，就是发现“魔女の洞窟”、接受“秘蹟”、取回声音的、被选中的人。

神秘的异形怪物在这里现身……
在聚集在周围的少女们的支援下，为了尽早成为“真珠姫”，蒔梛的激烈两星期现在开始了。