「被划分为昼与夜的两个世界的不可思议的学园中，性格迥异的三人组面对有关魔术的棘手难题」

主角作为新生来到了位于深山之中、有一座巨大钟楼的全寄宿制学院。

然而，在开学的第一天，主角就意外地卷入了麻烦之中，不小心摧毁了学院入口处的一尊昂贵雕像。
学院长指示主角作为赔偿，暂时在学院工作。
因此，主角与引起这场麻烦的一位男生一起被分配到了“特殊事件调查分室”。

当他们来到位于庞大地下图书馆深处的分室时，发现那里有一位表情冷漠的少女在等待着他们。

两人还没来得及弄清状况，就被少女告知：

在这所学院里，魔术是真实存在的。

随着钟楼钟声的响起，学院便会出现“夜之世界”，与校舍融为一体。

分室的任务是解决学院中发生的所有魔术相关问题。
就这样，主角们在被各种“遗物（Mist）”戏耍的同时，为了学院而开始了奔波。