冬の寒さも峠を越え、春が待ち遠しくなる三学期――
臨海都市・湊十（みなと）区にある成稜学園は、 最新の設備と自主性を重んじる校風、偏差値が高くて男女比が 4対6 という人気の進学校。
そこでは 1年前より、生徒会 と 新生会 という学生組織が新旧の制度を主張しながら学園を管理していた。
主人公・瀬真颯太朗（せま そうたろう）は、そんな成稜学園の2年生。 生徒会側が管轄する、ワケあり学生が集められた “黄昏部” に所属している。
主な活動内容は、学生のお手伝いから他愛ない探し物、揉め事の調停から風紀執行部とのいざこざまで。
憧れの生徒会長と登校したり、美人部長とおしゃべりしたり。 慌しくも気楽な日常を送っていた。
そんなある日、颯太朗のもとに差出人不明の手紙が届く。 「これから起こる度重なる問題を、キミは解き明かすことができるかな？」  時を同じくして、学園に1台のヘリコプターが来訪。 それから黄昏部には様々な厄介事が舞い込んでくるようになるのだった。
生徒会と新生会の折衝、雪桜の舞う場所や、謎めいた時計塔、 そして一部の者たちだけが使える不思議な能力。
この街に深く眠る、いくつもの 秘密（アリスグラム）たち。 果たして颯太朗は、それらを全て解き明かすことが出来るのだろうか――。