この雨が上がっても、きっと彼女（キミ）を待っている    主人公・藤宮晴真 （ふじみや はるま） は、上奈木（かみなぎ）学園の2年生。
  進級が決まった春休み。 晴真は、原因不明の高熱を出して、一ヵ月もの間、入院してしまう。
  そして、5月──  晴真の病気が完治して学園に復帰したものの、クラス替えをしたクラスメイトたちと馴染めず、晴真はクラスの中で浮いた存在になっていた。
  一方で、数日前に転校して来たばかりの菜乃花 （なのか） も、友達ができずにいた。
  ふたりは席も近く、挨拶を交わし、お互いの身の上話をしているうちに、意気投合する。
  そして晴真は、菜乃花が “園芸部” に入部するつもりだったと知る。  しかし、園芸部は、一年前に廃部になっていた。
  晴真は、菜乃花の望みを叶えてやるため、園芸部設立に向けて協力すると誓う。
  それをきっかけに、晴真は多くの友達と出逢い、失った “一ヵ月の時間” を取り戻す。