高峰智希（ながみね ともき）是就读于風見坂学園的2年生。
因为父母在海外工作的关系，而寄住在了青梅竹马深菜川夕陽（みながわ ゆうひ）的家里。
每日过着平稳的校园生活，图书委员会的工作和在夕陽家经营的咖啡店“夕顔亭”中帮忙成了放学后的必修功课。

然后某日。
智希暗恋的前辈兼图书会委员长綾瀬紗雪（あやせ さゆき）向其推荐了一本书，于是智希来到了坐落于商业街边的旧书店“風鈴堂”。

果然如智希所料，和冷清的店面一样，店内也是潮气扑鼻，脏乎乎的书架上放着积满灰尘的书。
虽说是如此，但是就算现在就调头离开的话，心情也不会好转，于是开始寻找自己所需的那本书。

在四处张望之时，无意中发现了一本书。
这是一本书脊上写着“your diary”字样的旧书。智希不可思议地被这本书所吸引，顺手拿起，慢慢翻开了封面――
随着迸发出的柔和光芒，一个女孩子随之跃出……
“你是ゆあ的新朋友吗？”
随着和这个自称为神的名为ゆあ的不可思议少女的邂逅，智希身边三个女孩子本已停止的命运之轮又开始转动了……
伴随着这空白的日记本――