——湛蓝的深海中，被深蓝色所包围着，少女正在沉睡。
做着总有一天、与“エレメンタル・ドライバー”相遇的梦——

被远远超出温室现象的“行星高温化现象”所袭的、西历2040年的地球。
北极与南极的冰山，北欧的峡湾，喜马拉雅的冰河，西伯利亚的永久冻土——各种冰块的融解，将地球全部土地淹没在海洋之下。
残存的10万人口，在人工海上漂浮都市『アクアポリス』中过着充满绝望的漂泊生活。

然而这时，アクアポリス却被资料不详的机械生命体SPOOK（スプーク）穷追不舍地袭击！
在苍穹的天空与湛蓝的海洋之间，アクアポリス防空隊与SPOOK的激烈天空战正轮番上演！
面对拥有压倒性数量的SPOOK，物资无情地消耗，令アクアポリス正逐步走向尽头。
就在人类这个灭亡前夕的关头，神秘美少女星海凪与人型机动超兵器アエリアル现身了。

凪与アエリアル，给残余的人类所展示的未来究竟会是怎样？
在人口海上都市『アクアポリス』中正不断上演爱情与友情、见面与别离、生与死——