正直グランデ＝ヤクモ1000年这个节点上的今年，也就是スイト32年，是预言中的大灾之年。
巨大的地壳运动造就了奇怪的巨大建筑“遗迹”突然拔地而起。

调查行动进展困难，不过最终，调查队还是到达了“伊始的房间”。在此处，发现了处在深度睡眠状态的主人公・暁。
虽然还活着，不过却不知如何才能使其恢复意识。
说不定能获得些崩坏之前时代的线索？虽说有这样的想法，但是却束手无策，调查队如热锅上的蚂蚁一般。

这时，就读于主人公被运到的研究机关所在学园的死党三人组・ヒマリ、フィオラ、ルカ偷偷潜入了研究所，窥探主人公的样子。
然而就在此时，发生了巨大的地壳变动。本打算按住主人公的ヒマリ公主一不小心吻了主人公。
一瞬间，主人公恢复了意识。这是哪儿？我到底是？

睡美人……哦，不对，是似乎有着睡美男般特异体质的主人公。
想要从突然发作的睡眠症中苏醒的话，就必须被人亲吻才行。
因为主人公对于遗迹调查来说是不可或缺的，所以三人组就担当起了用接吻来唤醒主人公的重任……

生活在当今时代的少女们和从过去穿越而来的主人公，到底能否顺利解开遗迹之谜，并在世界危机之中，安全地守护世界的和平呢？
1000年上的物语，就这样拉开了序幕……