主人公歩（あゆむ），拥有能够看到别人看不到的东西，听到别人听不到的东西，也就是所谓的“通灵眼”。
小时候或多或少感到烦恼的这个能力，在成长之后的现今已经不再在乎，将其作为自己一种个性而予以接受。

歩的父亲将要到海外长期工作，相信歩也会跟着过去的他的父母，早早地卖掉了房子。
但是，歩却说着「日本很好，我要在日本住」，执意拒绝跟随父母离去。
一开始不批准歩独自留下的父母俩，在他要住在由亲戚在父亲乡下所经营的公寓的条件下，答应了他。
然后，歩在小时候住过的父亲的乡下，过上了独居生活。

与青梅竹马兼表妹的桃花（とうか）重逢的歩，在转进的学校里加入了由桃花所建立的社团“ミステリーサークル部”。
那里聚集了、以喜欢一切与不可思议相关事情的桃花为首的、喜欢黑魔术的アリス学姐、沉迷在UFO的京（みやこ）学妹、崇拜着神社的神明的同级生菖蒲（あやめ）等，个性十足的社团成员。
她们的这份个性，似乎让人退避三舍不太习惯，但是有她们在的地方可是相当的欢乐与温暖——

不知不觉，歩发现了这个社团已经成为了对自己来说不可或缺的地方。