主人公「小町谷 総司郎」は「人の心が読める」ようになってしまった。
この力は30年ほど前から日本で発生し始め「マギア」と呼ばれる、
いわゆる超能力である。
通常この能力は少年少女が数日間の眠りに着くことで芽生えるが、
彼は二年という長すぎる時間をもって得たのだった。
しかも思いどおりに使えない上に頭痛が発生するというポンコツぶり。
彼はこの能力を消し去りたいと、能力者を集めた最先端学術研究都市
「静かの海学園」への入学を決意する。

しかし編入初日に事故に巻き込まれてしまった彼は初めて
自分以外のマギアを目にする。
瀕死の重症を治癒する奇跡の力、
そしてそれを使う少女「神代澄香」に目を奪われてしまう。

――俺も彼女のようになれるだろうか――

学園に入った彼は「帯刀千早」「綾森リールゥ」「館ノ川つむり」、
そして学年が上になってしまった学園最強能力者の妹「菜砂」といった
少女達とマギアの扱い方を学んでいく。